[서울=뉴스핌] 정영희 기자 = 실거래가 12억원을 넘는 고가주택에 적용된 장기보유특별공제액의 90% 이상이 서울에 몰린 것으로 나타났다. 양도차익이 클수록 공제 혜택도 커지는 구조인 만큼 고가주택 보유자에게 세제 혜택이 집중된다는 지적이 나온다.

1일 국세청 국세통계포털에 따르면 지난해 양도소득세 결정·경정 기준 전국 고가주택 장기보유특별공제액은 8638억원으로 전년보다 37.7%(2367억원) 늘어난 규모다. 양도 당시 실거래가액이 12억원을 넘는 주택을 대상으로 산정됐다.

지역별로는 서울 쏠림이 압도적이었다. 서울 소재 고가주택에 적용된 장기보유특별공제액은 7823억원으로 전체의 90.6%를 차지했다. ▲경기 539억원 ▲부산 182억원 ▲대구 34억원이 뒤를 이었다.

거래당 공제액에서도 서울은 다른 지역을 크게 웃돌았다. 서울의 양도 건수는 2709건으로, 이를 기준으로 계산한 거래당 장기보유특별공제액은 약 2억8900만원 수준이다. 인천 6100만원, 경기 8500만원과 비교하면 3배 이상 높은 금액이다.

공제액은 주택 가격이 높을수록 더 크게 나타났다. 양도가액 30억원을 초과하는 주택에 적용된 장기보유특별공제액은 3827억원으로 전체 고가주택 공제액의 44.3%를 차지했다. 이어 ▲양도가액 50억원 초과 1605억원 ▲30억~50억원 2222억원 ▲20억~30억원 2132억원 ▲10억~20억원 2194억원이었다. 고가 구간으로 갈수록 양도차익 규모가 커지는 만큼 공제 금액도 함께 불어나는 구조가 확인된 셈이다.

장기보유특별공제는 오래 보유한 부동산을 양도할 때 양도소득세 부담을 덜어주는 제도다. 실거래가 12억원 초과 1가구 1주택자는 보유 기간과 거주 기간에 따라 각각 최대 40%씩, 합산 최대 80%까지 공제를 받을 수 있다.

10년 이상 보유하고 거주한 1주택을 매각하면 보유 기간 공제율 40%와 거주 기간 공제율 40%가 함께 적용된다. 양도차익의 최대 80%가 공제 대상이 된다.

양도차익이 큰 고가주택일수록 공제액도 커지는 구조를 두고 조세 형평성 논란이 이어지고 있다. 실제 거주 여부와 관계없이 단순 보유 기간만으로도 세 부담이 줄어드는 부분이 주택시장 왜곡을 키운다는 비판도 제기된다.

정부는 장기보유특별공제 개편을 검토하고 있다. 단순 보유에 따른 공제는 축소하거나 폐지하는 대신 실제 거주 기간에 대한 혜택 비중을 높여 실거주 여부에 따라 과세를 달리하는 방안이다.

이재명 대통령도 지난 4월 X(엑스)에 올린 글에서 "살지도 않을 집에 오래 투기했다고 세금 깎아주는 비정상을 정상화하는 게 세금폭탄이냐"며 "1주택자의 주거를 제대로 보호하려면, 비거주 보유 기간에 대한 감면을 축소하고 그만큼 거주 보유기간에 대한 감면을 늘리는 게 맞다"고 언급한 바 있다.

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