[서울=뉴스핌] 이성화 기자 = 세무당국이 79억원 상당의 증여세 부과처분 불복소송에서 최종 승소한 이노셀(현 녹십자셀) 전 대표에게 국세 부과기간이 지난 후 양도소득세를 재산정한 것은 위법하다는 법원 판단이 나왔다.

20일 법조계에 따르면 서울행정법원 행정4부(김정중 부장판사)는 정현진 전 대표가 용산세무서장을 상대로 낸 양도소득세 부과처분 취소청구소송에서 원고 승소 판결했다.

이노셀은 2009년 12월 80억원 상당의 신주인수권부사채를 발행했는데 정 전 대표는 이를 취득한 한양증권으로부터 40억원의 신주인수권을 1억6000만원에 인수했다. 정 전 대표는 2012년 10월 신주인수권을 행사해 다시 517만4640주를 취득했다가 재매각했다.

그는 주식 취득과정에서 185억9700만원 상당의 증여이익이 발생했다고 보고 증여세 약 79억4100만원을 신고·납부했고 같은 금액의 증여세 부과처분을 받았다.

그러나 정 전 대표는 신주인수권을 증여받은 것이 아니라며 이를 취소해달라는 소송을 제기했다. 이 소송은 2019년 4월 대법원에서 원고 승소 취지로 파기환송됐고 같은 해 6월 조정권고에 따라 증여세 부과처분이 취소되면서 소 취하로 마무리됐다.

세무당국은 판결 확정 이후인 2020년 1월 정 전 대표에 대한 세액을 다시 산정해야 한다며 2012년도 귀속 양도소득세 19억3600만여원을 부과했고 정 전 대표는 다시 불복 소송을 제기했다.

정 전 대표 측은 국세기본법에 따라 국세 신고서 제출기한 다음 날로부터 5년이 만료된 날 후에는 국세를 부과할 수 없다며 2012년도 귀속 양도소득세를 2020년에 부과한 것은 위법하다고 주장했다.

반면 세무당국은 대법원 파기환송이 종국판결로서의 의미가 있어 국세기본법상 특례제척기간이 적용되고 판결 확정 후 1년 안에 양도소득세를 부과했기 때문에 적법하다고 맞섰다.

재판부는 정 전 대표 측 주장을 받아들여 "이 사건 처분은 부과제척기간이 도과한 후의 처분으로서 무효"라며 양도소득세 부과처분을 취소하라고 했다.

정 전 대표가 2012년 10~12월 양도한 주식에 대한 양도소득세 확정신고기한은 2013년 5월 31일이고 양도소득세 부과제척기간은 다음날인 6월 1일부터 5년간인데 양도소득세 부과처분일은 5년이 지난 2020년 1월 2일로 무효라는 것이다.

재판부는 또 조정권고에 의해 소송이 종료된 증여세 부과처분의 경우 국세기본법상 특례제척기간이 적용되지 않는다고 봤다.

그러면서 "실무상 조세항고소송에서 이뤄지는 조정권고는 법률상 조정이 아닌 사실상 조정에 불과해 판결과 같은 효력을 갖는다고 볼 수 없다"며 "파기환송심에서 조정권고에 따라 원고가 소를 취하함으로써 선행 재판이 종료됐고 확정판결은 존재하지 않는다"고 설명했다. 

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