[세종=뉴스핌] 김기랑 기자 = 정부가 중소기업 세제 지원 축소를 본격화하면서 '감면'에서 '직접 지원'으로의 정책 전환이 가시화되고 있다.

정부는 한정된 재정 여건 속에서 실효성이 낮은 감면 제도를 정비하고, 보다 체감도 높은 현금 지원으로 옮겨가겠다는 취지다. 다만 중소기업계 일각에서는 세제 혜택 축소에 따른 부담 가중 우려가 나오고 있다.

◆ 올해 '심층평가' 대상에 중기 감면 제도 다수 포함…결과 따라 일몰

21일 기획재정부에 따르면, 정부는 이르면 이달 중 '세법개정안'을 발표할 예정이다. 세법개정안은 조세 제도의 방향성과 구체적 변경 내용 등을 담은 공식 입법안으로 매해 7월 공개한다. 여기에는 소득세·법인세·부가가치세 등 국세 전반의 과세 체계와 감면 제도 개편, 신규 세제 도입·폐지, 기한 도래 제도에 대한 정비안 등이 포함된다.

올해 세법개정안에서는 기존 조세 감면 제도에 대한 대대적인 정비가 이뤄질 것으로 전망된다. 앞서 정부는 지난 3월 말 '2025년 조세지출 기본계획' 발표를 통해 이 같은 조세 감면 구조조정 방침을 공식화했다.

조세지출 운영방향 [자료=기획재정부] 2025.07.14 rang@newspim.com

정부는 올해 심층평가 대상 조세특례로 총 27건을 선정했다. 이 중에는 ▲중소기업 특별세액감면 ▲통합고용 세액공제 ▲벤처투자 관련 소득공제 ▲중소기업 증권거래세 면제 등 중소기업을 대상으로 한 여러 감면 제도들이 포함됐다.

심층평가는 연 감면액이 300억원 이상인 일몰 도래 조세특례를 대상으로 한다. 목표 달성도와 소득 재분배 효과, 재정 영향 등을 종합적으로 평가한다. 각 조세 제도는 심층평가 결과에 따라 일몰되거나 혹은 연장된다.

대표적으로 중소기업 특별세액감면은 업종·규모·지역 등을 기준으로 법인세나 소득세를 5~30% 감면해주는 제도로, 사실상 중소기업 전반에 적용되는 보편적 혜택이다. 정부는 감면 규모가 크고 실효세율을 과도하게 낮춘다는 점에서 정비 필요성을 살피고 있다.

이밖에 벤처투자 소득공제와 중소기업 증권거래세 면제 등 다른 제도들도 감면 실적, 정책 목적 달성 여부, 유사 제도와의 중복성 등을 중심으로 재설계 여부가 검토되고 있다.

재정 당국의 이러한 감면 구조조정 기조에 발맞춰 중소벤처기업부도 올해부터 현금 기반의 직접 지원 강화를 추진한다. 올해 중기부는 역대 최대 규모인 총 26조5000억원의 정책 금융을 공급할 계획이다. 소상공인을 중소기업으로, 중소기업을 중견기업으로 도약시키겠다는 목적으로 자금 지원을 집중한다.

이는 단순한 제도 정비를 넘어, 중소기업 정책 패러다임 자체가 '조세 감면' 중심에서 '직접 재정 투입' 중심으로 전환되고 있다는 신호로 읽힌다. 세제 감면은 정부 입장에서 보이지 않는 지원인 데 반해, 직접 지원은 정책 효과가 보다 명확히 드러나고 성과 관리도 용이하다는 점에서 매력적인 수단으로 여겨진다.

특히 세수 부족과 국가 채무 증가 등으로 재정 운용 여건이 빠듯한 상황에서 정부는 한정된 재원을 보다 효과적인 방식으로 집행할 필요성이 커졌다. 이 같은 재정 제약이 성과가 불확실한 감면보다는, 집행 대상과 결과가 명확한 직접 지원 쪽으로 무게를 실을 수밖에 없는 구조적 배경으로 작용하고 있다는 분석이다.

◆ 중기 "감면 사라지면 비용 압박" vs "직접 지원이 더 효과적" 양분

이를 두고 중소기업계에서는 기대와 우려가 공존하고 있는 상황이다. 일부 기업들은 세금을 덜 내는 것이 가장 직접적인 지원이라며 조세 감면 축소에 우려를 표하고 있다. 반면 다른 쪽에서는 조세 감면은 실효성이 떨어지고 요건이 까다로운 데 반해, 현금 지원은 당장 쓸 수 있어 체감도가 높다고 주장한다.

가장 대표적인 중소기업 세제 감면 제도인 중소기업 특별세액감면을 예로 들면, 최근 3년간 해당 제도를 통한 감면액은 ▲2023년 2조5336억원 ▲2024년 2조3639억원 ▲2025년 2조5000억원(전망) 등으로 집계됐다. 최근 5년간 중소기업 특별세액감면을 통해 법인세를 감면받은 기업은 2019년 20만9112개에서 2023년 23만1807개로 2만2695개(10.8%) 증가했다.

중소기업 특별세액감면을 받던 업계에서는 제도 일몰에 대한 우려가 크다. 대전 지역의 한 중소기업 관계자는 "매출이 일정 수준 이상 오르지 않는 소기업 입장에서는 세금 한 푼이라도 아끼는 게 절박한 생존 전략"이라며 "원래 받던 감면이 사라지면 바로 비용 압박으로 이어질 수밖에 없다"고 말했다.

반면 직접 지원을 찬성하는 쪽에서는 투자 비용에 대해 선제적으로 지원받는 방식이 더 효율적이라는 입장이다. 다른 중소기업 관계자는 "감면은 결국 나중에 돌려받는 구조라 당장의 자금 흐름에는 큰 도움이 되지 않는다"며 "필요한 시점에 즉시 설비나 인건비를 지원받는 게 훨씬 실질적인 효과가 있다"고 전했다.

각 연구기관·경제단체들의 입장도 엇갈린다. 앞서 한국조세재정연구원은 '조세특례 심층평가' 보고서에서 중소기업 특별세액감면에 대해 "조세 지원의 특성상 적자 상태에 있는 기업, 즉 납부할 세액이 존재하지 않는 기업들은 혜택을 받을 수 없다"며 "중소기업의 자금 조달 어려움을 완화하기 위해 지원이 필요하다는 근거와 관련해 본 제도의 지원 방식은 타당하지 않은 것으로 판단된다"고 밝혔다.

특히 조세연은 "이들 기업에 대해서는 보증·저리 대출 등의 금융 지원이나 직접적인 재정 지원이 효과적일 수 있다"며 "세무 행정 전산화와 세무 컨설팅 서비스 제공 등 중소기업의 납세협력 비용을 직접적으로 경감할 수 있는 조치를 지속 추진할 필요가 있다"고 제언했다. 이는 현 정부의 추진 기조와 같은 방향성으로 평가된다.

반면 중소기업중앙회는 중소기업 특별세액감면에 대한 긍적적 평가 결과를 공개했다. 앞서 중기중앙회가 500개 기업을 대상으로 시행한 '중소기업 세제세정 이용 및 애로 실태조사'에 따르면, 이들 중 87.8%가 조세 지원 제도가 경영 활동에 도움이 된다고 응답했다. 가장 도움이 됐던 조세 지원 분야 1위로는 단연 중소기업 특별세액감면(39.2%)을 꼽았다.

정부세종청사 기획재정부 전경 2023.03.16 jsh@newspim.com

중소벤처기업진흥공단 역시 일몰을 반대하는 입장이다. 중진공 관계자는 "중소기업 특별세액감면은 여러 차례 일몰이 연장되며 중소기업 정책으로 신뢰가 형성됐다"며 "올해 일몰이 될 경우 차년도 중소기업 경영계획 수립에 큰 혼란이 있는 만큼 최소 3년 이상의 제도 연장이 필요하다"고 주장했다.

정책 효과성 중심의 조세 개편이 불가피하다는 정부 입장과 생존 전략 차원의 감면 연장을 바라는 중소기업계의 입장이 맞서는 가운데, 이번 세법개정안은 단순한 세제 정비를 넘어 중소기업 지원의 철학과 방식이 어떻게 진화할지 가늠할 분기점이 될 것이라는 평가가 나온다.

그동안 이재명 대통령이 '재정의 전략적 재배분'을 강조하며 중소기업에 대한 성과 중심의 실질적 지원체계를 구축하겠다고 밝힌 만큼, 감면 제도의 개편 방향은 향후 정부의 중소기업 정책 전반에도 적지 않은 영향을 미칠 전망이다.

세제 당국인 기재부 관계자는 "제도 연장은 입법 사항이라 국회에서 어떻게 논의가 이뤄지는지를 지켜봐야 한다"며 "감면 제도들은 여러 이해 관계들이 얽혀 있어 여러 차례 연장돼 온 경우가 많고, 정부의 결정이 국회를 거치며 반전되는 경우도 있어서 예단할 수 없다"고 말했다.

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