[서울=뉴스핌] 김성수 기자 = 정부가 민간 주택임대사업자 제도를 갑작스레 폐지해 임대사업자들 사이에서 세제 관련 논란이 지속되고 있다. 

근거법 체계가 다르거나 재건축·재개발 단지의 멸실로 임대 의무기간을 다 못 채울 경우 정부가 약속했던 세제혜택을 못 받는 것 아니냐는 혼란이 가중된 것이다. 정부가 이같은 허점을 고려하지 않고 제도를 갑자기 폐지해 잡음이 발생했다는 지적이다.

◆ 4년 단기·8년 아파트 장기 폐지...의무기간 끝나면 자동 말소

13일 국토교통부에 따르면 7·10 부동산대책의 후속 대책인 '민간임대주택특별법 개정안'이 지난달 국무회의에서 의결됐다. 등록임대 제도 개편사항을 반영한 내용이다. 해당 개정안은 지난달 18일 공포 후 즉시 시행됐다. 이로써 4년짜리 단기임대와 8년짜리 아파트 장기일반 매입임대는 폐지됐다.

이전에는 임대등록 시 4년 단기와, 8년 장기일반·공공지원 유형으로 등록할 수 있었다. 민간임대주택 사업자는 임대주택에 대한 재산세 감면, 종합부동산세 계산시 과세표준 합산대상 배제 혜택, 소형주택 임대사업자에 대한 세액감면, 임대주택의 장기보유특별공제(장특공제) 등 세제혜택을 받을 수 있었다.

하지만 앞으로는 단기임대와 아파트 장기일반매입임대 유형으로 임대사업자를 신규 등록할 수 없게 된다. 이미 등록된 4년 단기임대는 8년 장기임대로 전환할 수 없다.

폐지유형(단기, 아파트 장기일반 매입임대)으로 등록된 기존 임대주택은 법 시행 후 임대의무기간이 종료한 날 자동으로 등록이 말소된다.

◆ 지자체 등록 후 세무서 등록 순…민특법 vs 조특법 기간 달라

문제는 근거법 체계가 달라서 양도세 장기보유특별공제 혜택을 못 받는 임대사업자가 생길 수 있다는 것이다. 민간임대주택에관한특별법(민특법)과 조세특례제한법(조특법)에서 임대의무기간을 계산하는 방식이 다르기 때문이다.

민특법 제43조(임대의무기간 및 양도 등)에 따르면 민간임대주택의 임대의무기간은 '지자체 임대사업자 등록일' 또는 '실제 임대개시일'중 늦은 날 시작된다. 반면 조특법 제97조(장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면)에 따르면 '지자체 임대사업자 등록일', '세무서 사업자등록일', '실제 임대개시일' 중 가장 늦은 날이 임대기간이 시작되는 날이다.

국토교통부 임대등록시스템 '렌트홈'에 따르면 임대사업자로 등록하려는 사람은 필요한 서류를 준비해서 지자체(시·군·구청)에 임대사업자 등록을 신청한 후, 사업자 등록증(신청 후 3~10일 발급)을 첨부해서 세무서에 별도 사업자를 신청해야 한다.

지난 2018년 4월 이후부터는 시·군·구청에 사업자 등록시 세무서에도 자동으로 등록 신청이 되도록 절차가 간소화됐다. 이에 따라 세무서의 사업자등록증 발급일이 지자체 임대사업자 등록일보다 늦어져, 임대의무기간 시작일이 그만큼 밀리게 된다.

◆ 임대의무 못 채워 세제혜택 못 받아…기재부 "해석으로 해결 가능"

이 경우 세법상 임대의무기간을 못 채우는 문제가 발생한다. 예컨대 지난 2018년 9월 11일 지자체에 임대사업자등록, 그 다음날인 9월 12일에 세무서 사업자등록을 한 사람은 민특법상 임대의무기간이 끝나는 2026년 9월 11일 임대사업등록이 말소된다.

민특법상 임대의무기간인 8년을 다 채웠지만 세법상으로는 8년을 다 못 채우게 되는 것이다. 임대사업자가 세제혜택을 받으려면 임대의무기간을 다 채워야 하는데 법 체계가 달라서 하루 차이로 기간을 못 채우게 되는 것.

기획재정부는 이에 대한 유권해석을 내려 문제가 없도록 조치했다고 설명했다. 기재부 관계자는 "임대사업자들이 두 법의 체계가 달라서 빈틈이 생기는 것에 대한 문의 전화를 많이 해왔다"며 "임대사업자 제도가 갑자기 없어져 애초 계획이 틀어지고, 세제혜택을 못 받게 되니 경제적 손해가 발생한다는 항의전화"라고 말했다.

다만 "이는 해석으로도 풀 수 있는 문제며, 시행령 단계에서 문제가 없도록 해결을 해놨다"며 "민원인이 전화로 문의하면 관련 내용을 안내했고 FAQ(자주 묻는 질문)도 배포된 것으로 안다"고 덧붙였다.

◆ 재개발·재건축 단지, 멸실되면 재등록 불가능…기재부 보완책 발표

재개발·재건축 추진 단지를 임대주택으로 등록한 임대사업자들도 제도 폐지로 세제혜택을 못 받는 것 아니냐는 혼란에 빠졌다. 앞서 재개발·재건축 주택 임대사업자들은 등록한 집이 정비사업으로 철거돼도 새 아파트 준공 후 재등록하는 방식으로 임대 의무기간(4년·8년)을 채울 수 있었다.

하지만 아파트 임대사업자 제도가 지난달 폐지됐기 때문에 새 아파트를 준공 후 재등록할 방법이 없어졌다. 임대사업자들로서는 억울하게 임대 의무기간을 못 채우게 된 것.

이에 따라 기재부는 지난달 7일 '민간임대주택 특별법 개정에 따른 세제지원 보완조치'를 발표하고 이에 대한 보완책을 내놓았다. 재건축·재개발로 임대주택 등록이 말소되고 재등록이 불가능한 경우에는 종부세를 걷지 않고 양도세도 중과하지 않기로 한 것이다.

또한 자진·자동등록말소로 임대 의무기간을 채우지 못해도 임대사업자가 거주주택을 임대주택 등록말소 후 5년 내 팔면 1가구 1주택 양도세 비과세 혜택을 주기로 했다.

전문가들은 앞으로도 과세당국이 갑작스런 제도 폐지로 혼선이 발생하지 않도록 시정 노력을 기울여야 한다고 지적했다.

우병탁 신한은행 부동산투자자문센터 팀장(세무사)은 "제도나 시스템 상의 미비점으로 이 같은 혼선이 반복될 경우 정부 정책에 대한 신뢰도가 낮아질 수밖에 없다"며 "과세당국은 임대사업자들의 경제적 피해가 최소화되게끔 조치해야 한다"고 강조했다.

sungsoo@newspim.com