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3주 만에 손보는 세제개편…비거주 종부세 공제 12억 복원 검토

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  • 정부가 26일 비거주 1주택자 종부세와 ISA 개편을 완화 검토했다
  • 비거주 기본공제는 12억원 복원, 거주 예외는 확대를 검토했다
  • ISA는 이월·장기운용 유지로 바꾸고 별도 혜택은 남기려 했다

!AI가 자동 생성한 요약으로 정확하지 않을 수 있어요.

납세·투자자 불이익 논란에 보완…실거주·국내투자 우대 취지 유지
종부세 비거주 공제 9억→12억 검토…ISA는 이월·계약 원복 무게
정부안 수정 불발 시 정기국회 세법 심사서 재조정 가능

[세종=뉴스핌] 김현구 기자 = 정부가 이달 초 발표한 세제개편안 가운데 비거주 1주택자에 대한 종합부동산세 강화와 개인종합자산관리계좌(ISA) 개편 방안을 잇달아 다시 손보고 있다. 세제개편안을 내놓은 지 불과 3주 만이다.

정책 방향 자체를 뒤집는 것은 아니지만 정책 목적 구현 과정에서 논란과 우려가 커지자 세부 설계를 완화하는 쪽으로 가닥을 잡는 모습이다.

26일 정치권 등에 따르면 정부는 비거주 1주택 종부세의 기본공제 축소 폭을 줄이고 불가피한 비거주 사유를 폭넓게 인정하는 방안을 검토하고 있다. ISA 역시 현행 제도의 납입한도 이월과 장기 운용 편의를 최대한 유지하는 방향으로 수정될 가능성이 커졌다. 

[AI 일러스트=김현구 기자] 2026.08.26 hyun9@newspim.com

◆ '실거주' 우대하고 ISA는 국내 장기투자 유도…원안의 두 축

정부가 지난 3일 발표한 부동산 세제개편은 주택을 얼마나 오래 보유했느냐보다 실제 얼마나 오래 살았느냐에 혜택을 더 주는 방향으로 설계됐다. 정부는 당시 주택을 투자 대상이 아닌 생활공간으로 보는 원칙을 강조하며, 종부세와 양도소득세의 각종 공제 체계를 거주기간 중심으로 바꾸겠다고 밝혔다.

종부세에는 1세대 1주택이라도 실제 거주 여부에 따라 기본공제를 달리 적용하는 방안이 담겼다. 실거주 1주택의 기본공제는 현행 공시가격 12억원에서 14억원으로 높이는 반면, 집을 보유하고도 거주하지 않는 1주택자는 9억원으로 낮추는 구조다.

비거주 1주택자는 장기보유에 따른 세액공제 혜택도 축소돼 같은 가격의 집을 갖고 있더라도 실거주자보다 세 부담이 크게 늘어날 수 있다.

정부가 함께 내놓은 '생산적 금융 ISA' 역시 국내 자본시장 활성화라는 목적이 뚜렷했다. 국내시장 장기투자에 혜택을 집중해 가계의 투자자금을 국내 기업과 자본시장으로 유도하겠다는 구상이었다.

정부는 생산적 금융 ISA의 투자 대상을 국내 자산 중심으로 제한하는 대신, 이자·배당소득 전액 비과세 등 혜택을 집중했다.

대신 최대 10년까지만 납입할 수 있도록 하고, 기존 ISA에는 미사용 연간 납입한도의 이월을 막고 계약기간을 5년으로 제한하는 방안을 함께 제시했다. 국내투자 상품에 큰 혜택을 몰아줘 투자 자금을 국내시장으로 끌어들이겠다는 계산이었다.

[AI일러스트=오종원 기자]

◆ 직장 때문에 집 비워도 '비거주'…장기투자 ISA 혜택 축소 논란

문제는 정책의 경계선에 있는 납세자와 투자자였다. 비거주 1주택자의 경우 종부세 기본공제가 3억원 줄어드는 데다 세 부담 상한은 현행 150%에서 200%로 높아지고, 양도세 장기보유특별공제에서는 보유기간에 따른 공제가 사라지는 등 여러 세 부담 강화 요인이 겹쳤다.

정부안에도 취학이나 직장 변경·전근, 질병·요양, 해외 체류, 직계존속 동거봉양 등 부득이한 비거주 사유를 일정 부분 인정하는 장치는 있었다. 1년 이상 해당 주택에 살다가 다른 시·군으로 옮긴 경우 비거주 기간을 최장 3년까지 거주기간으로 인정하는 식이다.

하지만 현실의 다양한 사유를 포괄하기에는 기준이 지나치게 좁다는 지적이 이어졌다. 손주 양육이나 가족돌봄 등이 반영되지 않고, '1년 이상 선거주'나 '다른 시·군 이전' 같은 요건도 현실과 맞지 않는다는 것이다.

비거주라는 이유만으로 세 부담을 한꺼번에 끌어올리는 것이 과도하다는 반발이 커지자, 여당에서도 불가피한 사정으로 집을 비운 1주택자까지 일률적으로 증세해서는 안 된다는 요구가 나왔다.

ISA는 반대 방향의 문제가 불거졌다. 국내 장기투자를 늘리겠다면서 정작 기존 ISA의 납입한도 이월을 없애고 계약기간을 제한하면 장기투자와 복리 효과를 저해한다는 지적이다.

특히 매년 2000만원을 꾸준히 넣기 어려운 자영업자·프리랜서는 남은 한도를 이듬해로 넘기지 못해 상대적으로 불리해진다는 비판이 컸다.

논란이 커지자 이재명 대통령은 지난 7일 ISA 개편안을 전면 재검토하라고 지시했고, 여당에서도 기존 ISA는 건드릴 필요가 없다며 생산적 금융 ISA는 별도 선택지로 추가하는 방향을 주문했다.

[AI 일러스트=김현구 기자] 2026.08.26 hyun9@newspim.com

◆ 비거주 공제 12억 복원 검토…ISA는 이월·만기 되살리는 쪽으로

정부와 여당이 논의 중인 종부세 보완안의 핵심은 비거주 1주택자의 세 부담 증가 폭을 낮추는 것이다.

더불어민주당은 지난 23일 고위당정협의회에서 불가피한 비거주 사유의 거주 인정 범위 확대를 요구했고, 종부세의 경우 1주택자는 거주·비거주를 구분하지 않는 방안까지 정부에 요청했다.

이와 관련해 정부는 실거주 1주택자에게는 당초 계획대로 14억원의 기본공제를 적용하되 비거주자는 정부안의 9억원보다 공제액을 높이는 방안을 검토하고 있다. 현행 수준인 12억원을 유지하는 방안이 대안 가운데 하나로 거론된다. 세 부담 증가 폭은 낮추면서 실거주와 비거주에 차등을 두겠다는 원칙은 남기는 방식이다.

거주 인정 예외도 넓어질 가능성이 크다. 육아·양육 등 불가피한 사유를 추가하고, 현행 최장 3년인 거주 인정기간을 늘리는 방안 등이 검토되고 있다. 구윤철 부총리 겸 재정경제부 장관도 합리적인 사유로 거주하지 못한 경우에는 이를 폭넓게 인정하는 방향으로 제도를 보완하겠다는 취지를 밝힌 바 있다.

ISA는 기존 제도를 축소하기보다 생산적 금융 ISA에 추가 혜택을 얹는 방향으로 무게가 이동하고 있다. 현행처럼 쓰지 못한 연간 납입한도를 다음 해로 넘길 수 있도록 하고, 계좌를 장기간 운용할 수 있도록 하는 방안이 검토된다.

다만 생산적 금융 ISA라는 별도 상품을 만들어 국내 장기투자를 유도한다는 큰 틀은 유지할 전망이다. 기존 ISA의 편의성을 유지하면서 국내투자 전용 상품에는 추가적인 비과세·소득공제 혜택을 주는 방식으로 두 제도의 차이를 만드는 방향이다.

정부가 당초 기존 ISA의 일부 혜택을 줄여 생산적 금융 ISA로 투자자를 이동시키려 했다면, 수정안은 기존 혜택을 가급적 유지하고 새로운 혜택으로 국내투자를 유도하는 방식에 가까워지는 셈이다.

정부는 다음 달 1일 국무회의에서 수정안을 심의·의결해야 정부 단계에서 변경을 반영할 수 있다. 세법 개정안 국회 제출 시한이 3일이라 시간이 촉박한 만큼, 정부안 단계에서 결론이 나지 않으면 기존안을 제출한 뒤 정기국회 세법 심사에서 조정하는 방안도 거론된다.

hyun9@newspim.com

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긍정 영향 종목

  • Lockheed Martin Corp. Industrials
    우크라이나 안보 지원 강화 기대감으로 방산 수요 증가 직접적. 미·러 긴장 완화 불확실성 속에서도 방위산업 매출 안정성 강화 예상됨.

부정 영향 종목

  • Caterpillar Inc. Industrials
    우크라이나 전쟁 장기화 시 건설 및 중장비 수요 불확실성 직접적. 글로벌 인프라 투자 지연으로 매출 성장 둔화 가능성 있음.
이 내용에 포함된 데이터와 의견은 뉴스핌 AI가 분석한 결과입니다. 정보 제공 목적으로만 작성되었으며, 특정 종목 매매를 권유하지 않습니다. 투자 판단 및 결과에 대한 책임은 투자자 본인에게 있습니다. 주식 투자는 원금 손실 가능성이 있으므로, 투자 전 충분한 조사와 전문가 상담을 권장합니다.
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