[세종=뉴스핌 한태희 기자] 국내 상위 대기업들이 2018년에 내야 할 법인세가 올해보다 약 2조6000억원 늘어난다. 정부가 법인세 과세표준 2000억원 초과 기업에 대한 법인세율을 3%p(포인트) 올리기로 해서다.

연구개발(R&D)이나 설비 투자금 세액공제 감면 폭도 줄어들기 때문에 대기업의 법인세 부담은 더 커진다.

정부는 2일 세제발전심의위원회를 열고 이런 내용을 담은 2017년 세법개정안을 확정했다.

먼저 과세표준 2000억원 초과 구간이 새로 생기고 세율은 22%에서 25%로 올라간다. 2016년 신고 기준으로 과표 2000억원이 넘는 대기업은 129개사다. 세율 상향으로 129개 대기업은 연간 2조5599억원의 세금 부담이 생긴다.

예컨대 과표 5000억원인 대기업이 내야 할 법인세는 약 90억원 증가한다. 올해 1095억8000만원에서 내년 1185억8000만원으로 늘어난다.

최영록 기획재정부 세제실장은 "상대적으로 여력이 있는 대기업 중심으로 세 부담을 적정화했다"며 "확보 재원으로 취약계층이나 영세기업을 지원하겠다"고 설명했다.

법인세 명목세율과 함께 실효세율도 오를 전망이다. 그동안 일부 감면받았던 R&D 비용과 설비 투자액의 세액공제가 줄기 때문이다.

현재 R&D 세액공제는 R&D 비용 총액의 1~3%를 공제해주는 당기분 방식과 전년 대비 증가한 R&D 비용의 30%를 공제하는 증가분 방식이 있다. 정부는 증가분 방식은 그대로 두고 당기분 방식의 세액공제율을 0~2%로 낮추기로 했다. 기본 공제율(1%)을 폐지하는 것이다.

아울러 생산성향상시설이나 안전설비, 환경보전시설 등에 투자할 때 비용 일부를 빼주는 투자세액공제율은 현재 3%에서 1%로 낮아진다. R&D와 설비투자 세액공제 축소로 대기업이 내야 할 세금은 연간 약 5500억원 증가한다.

최영록 세제실장은 "대기업에 대한 R&D 비용 세제 지원 중 당기분 방식은 단순 보조적 지원으로 R&D 유인 효과가 크지 않았다"고 설명했다.

이어 "에너지 절약시설 등의 공제율은 대기업 1%"라며 "다른 투자지원 제도와의 형평성을 감안해 설비 투자세액공제를 축소한다"고 부연했다.

[뉴스핌 Newspim] 한태희 기자 (ace@newspim.com)